روزی شیخ بهایى به همراه گروهى از شاگردانش براى خواندن فاتحه به قبرستان رفت، بر سر قبرها مىنشست و فاتحهاى نثار گذشتگان مىکرد تا اینکه به قبر بابا رکنالدین رسید، آوایى شنید که سخت او را تکان داد. از شاگردان پرسید: شنیدید چه گفت، گفتند: نه!
شیخ بهایى پس از آن حال دیگرى داشت و همواره در حال دعا و گریه و زارى بود. مدتى بعد، شاگردانش از او پرسیدند آن روز چه شنیدى؟ گفت: به من گفتند آماده مرگ باشم، شش ماه گذشت و دوازدهم شوال 1030 قمری (یا 1031 ق) فرا رسید و روح ملکوتی آن عارف و عالم بزرگ به سوى معبود پر کشید، بیش از 50 هزار نفر در تشییع جنازه او شرکت داشتند، علامه محمدتقى مجلسى بر وى نماز گزارد و سپس پیکرش را به مشهد مقدس بردند و بنا به وصیتش در جوار مرقد امام رضا(ع) به خاک سپردند.